Uitgever Dark Horse brengt vanaf 15 februari een driedelige comicserie uit. De delen verschijnen om de week. Dat meldt Joystiq vandaag. Het eerste deel, getiteld The Anchor, draait om Alex Mercer, het hoofdpersonage uit het eerste deel.
Het tweede deel, getiteld The Survivors, draait om een handvol overlevende inwoners van New York City die de stad proberen te onvluchten. Het derde en laatste deel zal Sgt. James Heller, het hoofdpersonage uit de tweede game, introduceren. De comics zullen aanvankelijk alleen digitaal verkocht worden via digital.darkhorse.com.
In Prototype 2 stapt de speler in de schoenen van Sgt. James Heller. Heller is door Alex Mercer, hoofdpersonage uit het eerste deel, geïnfecteerd met een virus en zint op wraak. Dankzij de infectie beschikt Heller wel over dezelfde alsook nieuwe superkrachten als Mercer en kan allerlei andere vormen aannemen. De game speelt zich af in een verdeeld New York, waar bepaalde gebieden worden gecontroleerd door een militair bedrijf, zijn ingenomen door mutanten of waar armen aan hun lot worden overgelaten.